连花清瘟从“非典”之初研发就采用了临床循证医学研究方法，之后，围绕甲流等不同类型的患者均依照循证研究规程，系统地开展了规范、权威的临床研究，获得了全方位扎实可靠的临床数据支持。
创新中药连花清瘟自“非典”研发以来，系统地开展了规范、严谨的实验研究与临床研究，产品疗效获得了全方位扎实可靠的科研证据支持。
1、Ⅲ期临床研究，显示岀连花清瘟治疗流感安全有效
运用随机、双盲、阳性药平行对照、多中心临床试验设计方法，纳入流行性感冒（毒热袭肺证）患者416例，随机分为试验组312例和对照组104例，疗程3天。
连花清瘟表现优良，与对照药物明显提高证候疗效和体温疗效，各项症候较对照药物均高出10～20个百分点，且没有不良反应发生。
2，治疗甲型流感病随机双盲、对照、多中心临床研究
2009年甲流疫情期间，由首都医科大学附属佑安医院为组长单位，全国9家研究单位共同参与，采用随机、双盲、双模拟、西药磷酸奥司他韦对照、多中心临床研究方法，将244例甲型H1N1流感，即急性呼吸道传染病患者随机分为连花清瘟组122例和磷酸奥司他韦组122例，同样以给药5 天和7 天观察，结果显示，无论是流感样症状缓解时间、病毒核酸转阴时间，还是减少疾病的严重程度和发热、咳嗽、咽痛、乏力症状持续时间，连花清瘟都明显优于磷酸奥司他韦。
综合结果表明，连花清瘟胶囊在病毒核酸转阴时间及流感症状缓解时间方面与磷酸奥司他韦相当，但连花清瘟胶囊明显减少了疾病的严重程度和症状的持续时间，研究中未发现药物相关不良事件发生。
连花清瘟作为由13味中药组成的复方制剂，多成分、多途径展现出在抗流感病毒、抑菌，退热，抗炎，止咳，化痰等多方面的系统药效作用，它的广谱抗病毒作用，广谱抑菌作用以及退热抗炎、止咳化痰作用具备深厚的药效物质基础。
厦门大学与海军军医大学曾经联合开展对连花清瘟药理活性成分研究，基于高分辨率质谱智能非靶向数据挖掘以及全新的血管紧张素转化酶2生物色谱技术，成功鉴定体内85个连花清瘟相关成分，其中苦杏仁苷、野黑樱苷、甘草酸、连翘苷A、连翘苷I、大黄酸、芦荟大黄素等均与血管紧张素转化酶2有亲和力，通过皮肤病理反应、血管紧张素转化酶2活性抑制和分子对接实验进一步进行活性评价，发现大黄酸，连翘酯苷A，连翘酯苷I，新绿原酸及其异构体均对血管紧张素转化酶2具有较高的抑制作用。
另一项研究还表明，连花清瘟中的主要活性成分槲皮素、木犀草素、黄芩素进行药效物质基础研究发现，这些药物的活性成分能够调节免疫抗病毒，通过活性成分抑制病毒激活等。
综合上述，连花清瘟上市近20年，拥有大量的理论、基础及临床研究数据，不断验证其在病毒类呼吸系统传染性疾病治疗中的有效性与安全性，彰显其临床价值。“中药连花清瘟治疗流行性感冒研究”获得2011年度国家科技进步二等奖，科学的研究证据推动连花清瘟先后30次列入国家卫健委、国家中医药管理局发布的甲流、乙流、禽流感等传染性公共卫生事件诊疗方案或指南共识，纳入国家医保目录、基药目录，已成为应对公共卫生事件的代表性中成药，在2021~2022年中国家庭常备药上榜品牌”评选中，连花清瘟第六次获评“中国家庭常备药(感冒药)上榜品牌”。
